Для изменения размеров IplImage нужно создать новое изображение нужных размеров с настройками оригинального изображения
IplImage resizeImage = IplImage.create(w, h, img.depth(), img.nChannels());
После этого заполнить новое изображение
cvResize(img, resizeImage);
Итоговая функция для изменения размеров изображения
public IplImage resizeImage(IplImage img, int w, int h) {
IplImage resizeImage = IplImage.create(w, h, img.depth(), img.nChannels());
cvResize(img, resizeImage);
return resizeImage;
}